明眼院は、愛知県海部郡大治町にある天台宗の寺院です。日本最古の眼科専門の医療施設として知られていますが、現在は医療行為を行っていません。
大治町史によると、この地はかつて尾張国海東郡馬嶋村（まじまむら）と呼ばれていました。延暦21年（802年）、最澄の弟子である聖円が「五大山安養寺（ごだいさんあんようじ）」として開基したのが始まりとされています（奈良時代の行基が開山したという伝承もあります）。
南北朝時代に入ると、建武の乱以降の戦火で寺の大半が焼失し、荒廃しました。その後、清眼（馬嶋清眼とも呼ばれる、永和5年3月19日没）が訪れ、付属の白山社（現・馬島社）とともに再興しました。本尊である薬師如来にちなんで「医王山薬師寺（いおうさんやくしじ）」と改名しました。
延文2年/正平12年（1357年）、清眼が蔵南房で睡眠をとっていると、夢の中に異国人が現れ、眼病治療の秘伝と霊水の在り処を告げました。目を覚ますと、傍らには眼科専門の漢方医学書が置かれており、夢で示された場所へ向かうと、霊水が湧いていました。これを薬師如来の加護と考えた清眼は、その書を精読し、眼病治療を始めることになりました。
当時の眼科治療は、内服薬や薬液による洗眼、軟膏の塗布、粉末の散布に加え、鍼治療や烙法を用いた簡単な手術も行われていました。これにより、白内障、緑内障、結膜炎などの広範な治療が可能となり、その名声は広まりました。
永正15年（1518年）、明眼院の僧侶が朝廷の依頼で後柏原天皇の眼病を治療し、寛永9年（1632年）には後水尾上皇の皇女の眼病治療を行いました。これにより「明眼院」の院号を賜ることとなり、さらに明和3年（1766年）には桃園天皇の皇子の治療を行ったことから勅願寺の格式が与えられました。
江戸時代には、全国から多くの患者が明眼院を訪れ、大名の小堀政一（遠州）、画家の円山応挙、国学者の本居春庭（本居宣長の嫡男）なども治療を受けたとされています。また、尾張藩から寺領として36石が与えられていました。
28世・円如は天保年間（1830年 - 1844年）初期に長崎に遊学し、オランダの医学を学んで治療に取り入れるなど、西洋医学の導入にも貢献しました。
明治時代に入り、神仏分離令（1868年）や「医術開業試業規則」（1874年）により僧医の医療行為が禁じられると、明眼院は経営的に困難な状況に陥りました。当時の住持は還俗し、西洋医学を学び直した後、名古屋で眼科医として開業しました。また、明眼院の元僧侶が「馬嶋」姓を名乗り、眼科医を続けたという説もあります。
その後、1891年（明治24年）の濃尾地震や1959年（昭和34年）の伊勢湾台風の影響で、寺院の建物の多くが損壊しました。1741年に再建された本堂も、伊勢湾台風で屋根瓦が飛び、1977年に解体、翌年鉄筋コンクリートで再建されました。
旧多宝塔は、室町時代に建立されたとされ、露盤には慶安2年（1649年）の銘が刻まれています。かつては二層構造でしたが、1891年の濃尾地震で上層が撤去され、下層のみの現在の姿となりました。2014年（平成26年）に国の登録有形文化財に登録されました。
大日如来坐像は高さ110センチ、桧材寄木造の玉眼の仏像で、平安時代の様式を模した鎌倉時代の作と考えられています。秘仏として大日堂に安置され、2012年（平成24年）に町指定文化財に指定されました。
かつて仁王門に安置されていた2躯の金剛力士像で、鎌倉時代（13世紀末〜14世紀初頭）の造立とされています。現在、旧仁王門跡地に屋根付きの格子内に安置され、2011年（平成23年）に町指定文化財となりました。
東京国立博物館の裏庭にある応挙館は、1742年に明眼院の書院として建てられたものを、明治時代に三井財閥の益田孝が引き取り、後に博物館に寄贈したものです。館内には円山応挙作の襖絵が残されており、応挙が治療の御礼として描いたと伝えられています。
明眼院は、日本最古の眼科専門医療施設として長い歴史を持つ貴重な寺院です。現在は医療行為を行っていませんが、文化財としての価値が高く、歴史的な遺産としてその存在が伝えられています。